《決定》提出“構建以國家公園為主體的自然保護地體系”，其主要目的是推動科學設置各類自然保護地，建立自然生態系統保護的新體制新機制新模式，建設健康穩定高效的自然生態系統，為維護國家生態安全和實現經濟社會可持續發展筑牢基石，為建設富強民主文明和諧美麗的社會主義現代化強國奠定生態根基。在這方面，需要著力做好以下4項工作。
第一，構建科學合理的自然保護地體系。自然保護地是由各級政府依法劃定或確認，對重要的自然生態系統、自然遺跡、自然景觀及其所承載的自然資源、生態功能和文化價值實施長期保護的陸域或海域。按照自然生態系統原真性、整體性、系統性及其內在規律，依據管理目標與效能并借鑒國際經驗，將自然保護地按生態價值和保護強度高低，依次分為國家公園、自然保護區、自然公園3類。按此劃定標準，對現有的自然保護區、風景名勝區、地質公園、森林公園、海洋公園、濕地公園、冰川公園、草原公園、沙漠公園、草原風景區、水產種質資源保護區、野生植物原生境保護區（點）、自然保護小區、野生動物重要棲息地等各類自然保護地開展綜合評價，按照保護區域的自然屬性、生態價值和管理目標進行梳理調整和歸類，逐步形成以國家公園為主體、自然保護區為基礎、各類自然公園為補充的自然保護地分類系統，做到一個保護地、一套機構、一塊牌子。
第二，建立統一規范高效的管理體制。理順現有各類自然保護地管理職能，制定自然保護地政策、制度和標準規范，實行全過程統一管理。建立統一調查監測體系，制定以生態資產、生態服務價值為核心的考核評估指標體系。結合自然資源資產管理體制改革，按照生態系統重要程度，將國家公園等自然保護地分為中央直接管理、中央地方共同管理和地方管理3類，實行分級設立、分級管理，探索公益治理、社區治理、共同治理等保護方式。合理調整自然保護地范圍并勘界立標，進一步完善自然資源統一確權登記辦法，劃清各類自然資源資產所有權、使用權的邊界，明確各類自然資源資產的種類、面積和權屬性質。根據各類自然保護地功能定位，實行差別化管控，原則上核心保護區內禁止人為活動，一般控制區內限制人為活動。
第三，創新自然保護地建設發展機制。以自然恢復為主，輔以必要的人工措施，分區分類開展受損自然生態系統修復，建設生態廊道，開展重要棲息地恢復和廢棄地修復，利用高科技手段和現代化設備促進自然保育、巡護和監測的信息化、智能化。結合精準扶貧、生態扶貧，對核心保護區內原住居民實施有序搬遷，依法清理整治探礦采礦、水電開發、工業建設等項目，通過分類處置方式有序退出，依法依規對自然保護地內的耕地實施退田還林還草還湖還濕。全面實行自然資源有償使用制度，實現各產權主體共建保護地、共享資源收益，建立健全特許經營制度，鼓勵原住居民參與特許經營活動，探索自然資源所有者參與特許經營收益分配機制。在嚴格保護的前提下，在自然保護地控制區內劃定適當區域開展生態教育、自然體驗、生態旅游等活動。按照生態保護需求設立生態管護崗位并優先安排原住居民。
第四，加強自然保護地生態環境監督考核。強化自然保護地監測、評估、考核、執法、監督等，逐步形成一整套體系完善、監管有力的監督管理制度。建立國家公園等自然保護地生態環境監測制度，制定相關技術標準，建設各類各級自然保護地“天空地一體化”監測網絡體系，對自然保護地內基礎設施建設、礦產資源開發等人類活動實施全面監控。組織對自然保護地管理進行科學評估，及時掌握各類自然保護地管理和保護成效情況，發布評估結果。建立統一執法機制，在自然保護地范圍內實行生態環境保護綜合執法。
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